Testing Variance Components in Linear Mixed Modeling Using Permutation

Abstract

Inference of variance components in linear mixed modeling (LMM) provides evidence of heterogeneity between individuals or clusters. When only nonnegative variances are allowed, there is a boundary (i.e., 0) in the variances’ parameter space, and regular inference statistical procedures for such a parameter could be problematic. The goal of this article is to introduce a practically feasible permutation method to make inferences about variance components while considering the boundary issue in LMM. The permutation tests with different settings (i.e., constrained vs. unconstrained estimation, specific vs. generalized test, different ways of calculating p values, and different ways of permutation) were examined with both normal data and non-normal data. In addition, the permutation tests were compared to likelihood ratio (LR) tests with a mixture of chi-squared distributions as the reference distribution. We found that the unconstrained permutation test with the one-sided p-value approach performed better than the other permutation tests and is a useful alternative when the LR tests are not applicable. An R function is provided to facilitate the implementation of the permutation tests, and a real data example is used to illustrate the application. We hope our results will help researchers choose appropriate tests when testing variance components in LMM.     

先进文化中的价值尺度（二）——学习“以崇尚科学为荣、以愚昧无知为耻”心得

七与反科学或反科学主义相应的,还有捍卫“伪科学”的舆论。什么是伪科学?“水变油”之类是闹得最大的典范,而“人体科学”则是影响时间最长,社会效果最恶劣的标本。伪科学的共性,是造假作伪,盗名骗钱,韩国黄禹锡事件是一个样板。我国《科学技术普及法》规定,“科普工作者应当坚持科学精神,反对和抵制伪科学”。按韩国处理黄禹锡的原则,伪科学不但要科普工作者“反对和抵制”,而且还要采取行政措施,以至追究法律责任。但在我国,从张香玉的“大自然功”和“邱氏鼠药”事件开端,多是恶人先告状,而败诉的往往是科普工作者或科学家。这类个案,举…     

信“生辰八字”拆散美满婚姻

在科学昌明的今天,社会上仍然有一些荒唐愚昧的人把人成名成家立业的希望寄托在“大仙”身上,特别是婚姻上按属相“生辰八字”合婚,使许多青年男女的合理婚姻受到不应有的干预,甚至发生不该发生的悲剧,在我市某一村就发生了这样一个真实的故事。     

科学无神论和它的社会责任

科学无神论不是反宗教的,而是贯彻宗教信仰自由的;科学无神论不但是一种世界观和思维方式,而且也是一种人生态度和生活方式;科学无神论是马克思主义宗教观的基石和起点,与科学社会主义有血肉联系。它服从和服务于工人阶级政党的历史使命和国家的整体任务,着重为"科教兴国"贡献力量,让社会摆脱愚昧迷信的负担,家家过上健康和谐幸福的生活,每个人得到独立自由而全面的发展。     

构建和谐社会与党的意识形态建设

构建和谐社会离不开党的意识形态的指导、调控与整合.新的历史条件,要求党的意识形态建设遵循核心理念的稳定性与体系的开放性的有机统一、阶级性与包容性的有机统一、合规律性与合目的性的有机统一、引领功能与批判功能的有机统一,努力为和谐社会建设提供价值指导和精神支撑.     

儒道禅文化的自我觉解与心理和谐修养

心理和谐是社会和谐的基本要素之一,而不同层次的自我意识间的和谐又是心理和谐的核心。通过对当代中国人心理现状的分析,发现在自我意识的层次中缺乏高层精神性自我对各层自我的整合,是影响个体心理和谐因素中最根本的。儒道禅文化对宇宙自我的觉解及其对各层自我的关照,对增进当代中国人心理和谐具有极大理论意义和可操作性价值。     

对西北少数民族宗教信仰与政治文化建设的现实思考

西北是我国多民族融合的长廊,许多民族及及其文化就在此产生、发展、消亡,其复杂的民族宗教关系和重要的战略地位决定了在西北地区开展政治文化建设的艰巨性和重要性。做好西北少数民族政治文化建设工作,对于形成良好的民族关系,维护国家统一和边疆安全,为社会主义现代化建设创造安定团结的政治局面具有重大意义。